慧远答道：“正理须申，岂顾性命？”又向诸大德告辞道：“时运如此，谁也无力挽回。只是此去不能侍奉左右，是我最大的憾事。但佛法决不会毁灭，愿诸大德看到光明的前途，不要因一时的灾难而太过悲伤烦恼。”说罢即离开邺都，回到故乡汲郡，在西山隐居避难。

周武帝与众僧会议之后，在原北齐境内断然采取了废佛措施，拆除了数以万计的寺院，勒令几百万僧人还俗为民，经像法物也尽遭毁除。一时之间，北齐旧境的佛教便荡然无存了。但周武帝的废佛，并没有对僧人采取肉体消灭的极端行动。大部分僧人虽然被迫还俗为民，甚至当官作吏，但也有少数信仰坚定的僧徒，外着俗衣，内服僧服，隐晦曲折地坚持其宗教生活。慧远便是这少数僧人中的一员。他虽然触犯了天子雷霆之怒，但周武帝并没有加害于他，对他的逃亡也没深究。慧远隐居在汲郡西山，在极困难的条件下，仍不疲倦地诵经修道，头尾3年间诵《法华》、《维摩》等经各1000遍，还在饥寒煎熬中坚持坐禅。

周静帝大象二年(580年)，严厉的废佛政策开始缓和下来。国家特准在长安和洛阳各立一所大寺，以陟岵为名，表示对先帝的哀思。两寺各置菩萨僧，即受菩萨戒不须剪发剃头的僧人，为国行道，选择宿望有学业的旧僧为之。慧远即被选中，出而在少林寺宣讲佛法。

隋朝代周之后，大规模复佛，慧远即行剃落须发，重新成为纯正的僧人。他在周武毁佛时出面与武帝抗辩的大无畏精神，以及在废佛的岁月坚持禅诵修道的坚贞品行，使他在复佛运动中成为受人膜拜的高僧，声誉极盛。隋文帝听说他的大名后，下诏任他为洛州(治今河南洛阳)沙门都；开皇七年(587年)，文帝简选德高望重的高僧为大德僧，慧远是被选中的6人之一。在沙门都和六大德任上，他以高度的热诚，整顿教团，讲授佛理，从事译经，为佛法的复兴竭精尽虑，不遗余力。隋文帝特地为他在皇城门外南大街右侧置净影寺一所，俾其讲说宏法，学徒不远千里，奔赴来集，在他的教诲下相继成器。

开皇十二年(592年)，慧远卒于净影寺，享年70岁。隋文帝特为废朝表示哀悼，并把他与朝贤李德林的死同视为“国失二宝”。

慧远一生长期从事讲授经论的工作，著述也十分丰富，计有《地持疏》5卷，《十地疏》10卷，《华严疏》7卷，《涅槃疏》10卷；对《维摩诘经》、《胜鬘经》等也各有疏记。又著有《大乘义章》14卷。总计50余卷，近300万言。这些论著文句优美，义旨允当，深入浅出，大受学者欢迎。为了护寺和弘传佛教，他真正做到了鞠躬尽瘁，死而后已。“护法菩萨”的美称，他是当之无愧的。